黄浦江两岸综合开发是一项时间跨度长，协调面广的浩大工程。为健康有序地推进这一工程，上海坚持把管理体制、运作机制和政策措施的创新，作为破解难题的重要环节来抓，从而为开发工作的顺利进行创造了良好的环境。

         2002年1月，市委、市政府批准成立了上海市黄浦江两岸开发工作领导小组，由市领导任组长、副组长，市发展改革委、市规划局、市房地资源局等部门和沿江各区共17个单位的主要负责人为领导小组成员。下设上海市黄浦江两岸开发工作领导小组办公室作为其办事机构，具体负责落实领导小组的有关决定，对黄浦江两岸开发工作进行组织、协调、督促和检查。

         与此同时，组建上海市申江两岸开发建设投资（集团）有限公司,作为政府性投资公司主要承担沿江公共环境、公共配套设施的建设和土地一级市场的开发，负责市级项目的投融资与建设，发挥在黄浦江两岸开发建设中的主导作用。

         沿江各区也相应成立了开发机构，在业务上接受市浦江办的指导，负责黄浦江两岸相应区域综合开发的具体工作。